Autolife's Blog

氨基酸残基信息汇总12345Residues = ["Ala","Ile","Leu","Met","Val","Phe","Trp","Tyr","Asn","Cys","Gln","Ser","Thr","Asp","Glu","Arg","His","Lys","Gly","Pro"]RESIDUES=['ALA', 'ILE', 'LEU', 'MET', 'VAL', 'PHE',... 阅读全文…

python模块推荐[15]tempfile创建随机临时文件夹和随机文件场景 tempfile模块是python的内置模块无需安装。可以帮你创建随机、不重名的文件和文件夹。 注意事项 默认参数下，不要去找临时文件或临时文件夹，因为程序退出时该临时文件和临时文件夹都会被删除。默认创建的文件和文件夹是看不到的，仅仅存在脚本运行期间，而且运行期间也是不可见得，因为他没有使用文件系统表。 如何你的应... 阅读全文…

Molecular Shape Comparison using Spherical Harmonics 有点像surface_type,2https://pymolwiki.org/index.php/File:Pocket.png可能需要做两张图 然后合在一起。http://hex.loria.fr/gallery/https://pymol.org/dokuwiki/doku.php?... 阅读全文…

vi 常用操作集合撤销和恢复 u是撤销你刚才做的动作 ctrl+r 是恢复你刚才撤销的动作、 dd 剪切本行 shift+d 或者d$ 删除光标到行末 x 删除光标所在字符 保存修改并且退出 vim： “ZZ”或者”:wq” 按列选择并插入 首先ctrl+v进入列选择-> 按大写I进入插入模式-> 输入要插入的字符-> 按Esc键退出 刚刚选中的列前... 阅读全文…

sudo 添加配置环境变量sudo –preserve-env=HOME /usr/bin/env Finally you can also set environment variables directly in the sudo command, like this: sudo ZEBRA=true /usr/bin/env sudo LD_LIBRARY_PATH=/opt/inte... 阅读全文…

最喜欢的软件列表（强烈推荐） anconda centos jupyter pymol python perl rdkit vscode 阅读全文…

中国镜像介绍好过开源软件的仓库都在国外，直接从国外仓库下载速度比较慢，如果再有Q的存在，下载就是个灾难。 我个人喜欢临时启用国内镜像，不喜欢永久配置国内镜像。当官方仓库下载很慢的时候再主动启用镜像，一切尽在掌握之中。 pypipython -m pip install web.py -i http://pypi.douban.com/simple –trusted-host pypi.dou... 阅读全文…

python模块推荐[14]定时任务planPlan是什么 Plan 是一个python 模块可以帮助我们写和部署cron 任务。借助于plan 可以把python代码转化成cron语法 或者直接修改生成cronfile文件。 plan的优点 语法对人更加友好。 安装planpython -m pip install plan 快速体验plan12345678from plan impo... 阅读全文…

个人常用软件集合个人试用过的软件，按字母顺序排序 anaconda3 带python的工具 +++++ autodock 分子对接 autodockVINA +++++ cmake3 gaussian gcc 版本切换scl devtoolset gromacs openmpi pdb2pqr PyMOL Rosettta schrodi... 阅读全文…

python模块推荐[]multiprocessing-Pool多核批处理场景作业是独立的，且每个作业都比较耗时，但是数量非常多。这时候使用多核进行计算作业能显著提高效率。有点类似大家一起干。如果是普通的单核处理的话，就类似于 一人干活，其他人休息，当然慢。 单核处理任务比如 60次特殊的加法，每个加法之前先休息1s,增加这个任务的时间，你可以根据自己的需求定义任务函数。 123456789... 阅读全文…